V 9. století se postavení buddhismu v Tibetu upevňuje, mnozí jeho představitelé začínají hrát významnou úlohu i v politickém životě. K tragickému obratu dochází po vraždě krále Ralpačäna (815-838), země se zmítá v politických nepokojích a buddhistická nauka je tvrdě potlačována. Tato stagnace trvá po více než sto let. Ke změně dochází za vlády krále Ješe Ö, jenž roku 970 vysílá do Kašmíru překladatele Rinčhen Zangpa. Tento muž si později získá velké uznání za své překlady významných tantrických spisů. V Indii se rovněž seznámí s velkým indickým panditou a mistrem tantry Atíšou. Roku 1042 se Atíša vydává na cestu do Tibetu. Učení, které zde předává, vyzdvihuje ideál bódhisattvy – toho, kdo pracujících pro dobro všech cítících bytostí. Nezbytným předpokladem při realizaci tohoto cíle je rozvoj kvality označované jako bódhičitta (sa., dosl.: „duch probuzení"), jejímž plným uskutečněním lze dospět ke konečné povaze všech jevů. V Atíšově díle Bódhipathapradípa („Lampa cesty k probuzení") se poprvé objevuje klasifikace stoupenců Buddhova učení na přívržence mahájány, těch kteří usilují o naplnění ideálu bódhisattvy a na praktikující hínajánové školy, jejichž cílem je dosažení vlastního osvícení.
Během svého působení v Tibetu Atíša oživuje zásady pravé mnišské etiky, a dále klade velký důraz na nezkreslený výklad posvátných textů. Jím iniciované reformní hnutí, známé později jako škola Kadampa (tib., dosl.: „ústní instrukce"), sice nepřežilo v původní podobě do dnešních dnů, ale její učení se stala nedílnou součástí jiných tradicí, zejména školy Gelugpa.

Škola Ňingmapa
Část praktikujících se ovšem k tomuto reformnímu hnutí nepřipojila, protože jejich linie nebyla během pronásledování buddhistů v Tibetu přerušena. Praktikující hlásící se k této tradici, založené mistrem Padmasambhavou, zachovali kontinuitu předávání Nauky i přes persekuce hrozící ze strany odpůrců buddhismu. Tato škola se časem začne označovat jako Ňingmapa (tib., dosl.: „stará škola", resp. „škola starých"). Charakteristickým rysem jejího učení jsou tři linie přenosu: historická, přímá a vizionářská.
Historická linie zahrnuje učení tří cest: mahájógy, anujógy a atijógy. Zatímco učení mahájógy jsou společná všem čtyřem hlavním školám tibetského buddhismu, nauky o anujóze a atijóze nalezneme pouze v této tradici. Atijóga bývá označována rovněž jako učení dzogčhenu; realizace stavu atijógy představuje v Ňingmapapě nejvyšší stupeň duchovní cesty.
Jako přímá linie – terma – se označuje tradice předávání Nauky pomocí textů ukrytých mistrem Padmasambhavou. Tyto texty jsou objevovány významnými mistry v časech vhodných pro přijmutí jejich poselství. Jednou z nejznámějších term je text známý na Západě pod nepřesným označením Tibetská kniha mrtvých (tib. Bardo thödol).
Pod pojmem vizionářská linie se rozumí přímé předání nauky učitelů minulých generací současným držitelům linie.

Období od 11. do 14. století je pro dějiny tibetského budddhismu velice významné. V této době vystupuje v Tibetu celá řada velkých duchovních osobností, z nichž někteří po sobě zanechávají učení, která se později prosadí jako nové, samostatné školy (souhrnně se někdy označují jako Sarmapa, tvoří protipól staré škole – Ňingmapě).

Škola Kagyupa
Na začátku 11. století se proslulý tibetský jógin Marpa (nazývaný také locáwa, „Překladatel") vydává na pouť do Indie, kterou za svůj život zopakuje ještě dvakrát. Přináší odtud učení mahásiddhy Náropy a jeho učitele Tilopy. Tato nauka, jejíž základ tvoří realizace stavu mahámudry („velké pečeti"), se spolu s meditačními technikami známými jako šest jóg Náropových stává nejhlubším učením školy nesoucí označení Kagjüpa (tib., dosl.: „ústní tradice"). Do této linie předávání nauky patří rovněž Marpův žák – jógin, asketa a také básník Milaräpa – známý velikou oddaností a láskou ke svému učiteli. Milaräpův žák Gampopa proslul svou dokonalou znalostí Nauky, za jeho života se formuje samostatná škola se jménem Dagpo-kagjü, po jeho smrti se z ní postupně vyvíjejí čtyři další „podškoly" náležející k linii Kagjü. Na Západě se nejznámější z nich stala škola Karma-kagjü odvíjející svůj původ od prvního karmapy Düsum Khjenpy. Učení Karma-kagjü proto velmi úzce souvisí s linií karmapů, bytostí považovaných, podobně jako linie dalajlamů, za živoucí emanace bódhisattvy Avalókitéšvary (tib. Čänräzig). Existence takové linie tulků-převtělenců byla předpovězena Buddhou Šákjamunim a rovněž mistrem Padmasambhavou.

Škola Sakyapa
Koncem 11. století vzniká též další z hlavních škol tibetského buddhismu – Sakjapa. Své jméno nese podle kláštera Sakja (tib., dosl.: „Šedá země") v jihozápadním Tibetu. Opati tohoto kláštera se věnovali jednak rozvíjení vadžrajánových nauk známých pod označením lamdä, usilovali rovněž o systematizaci tantrického písemnictví. Jako zakladatel učení lamdä bývá označován indický mahásiddha Virúpa. Do Tibetu se toto učení dostalo zásluhou překladatele Dogmi Šákja Žönna. První sakjapovský velekněz Sačhen Küngpa Ňingpo vytvořil k tomuto textu komentář, čímž položil základ pro další vývoj školy Sakjapa. Jeho dva synové a zejména pak jeho vnuk Sakja-pandita Künga Gjalcchän se stali významnými představiteli školi Sakjapa. Všichni tito učitelé byly rozpoznáni jako inkarnace bódhisattvy Maňdžušrího.
Samotné učení lamdä vyjadřuje přímý náhled toho, že zdánlivě protichůdné stavy – sansára a nirvána nejsou ve své podstatě rozdílné. K realizaci tohoto stavu však nelze dospět okamžitě. Podobně jako v ostatních školách tibetského buddhismu je i zde zapotřebí postupné (graduální) cesty. Těmito metodami nutnými k „pročistění" se škola Sakjapa přibližuje zejména tradici Kadampa.

I přes množství různých škol a tradic v Tibetu nikdy nedošlo ke skutečné roztržce mezi jejich stoupenci. V 19. stoletím se naopak formuje hnutí eklektického typu známé jako rime. Snaží se překlenout separatistické tendence v rámci tradičních škol tibetského buddhismu. Zároveň však klade důraz na jedinečnost a bohatství každého názorového proudu. U zrodu tohoto hnutí stál sakjapovský mistr Džamjang Khjence Wangpo. Jeho myšlenky dále šířili žáci, mezi nimiž prosluli zejména Čhoggur Dečhen Lingpa a Džamgön Kongtul, jehož vliv je dodnes patrný zejména ve školách Ňingmapa a Karma-kagjü.